Functie die alle nodige validaties uitvoert op het opgegeven (volledige) model en een overzicht geeft van de afwijkende metingen en slechte curves (zodat de gebruiker deze kan valideren).
De functie roept meerdere hulpfuncties op:
Voorafgaand aan het uitvoeren van deze laatste functie worden eerst de slechtste modellen opgelijst (op basis van RMSE, afwijkende metingen en afwijkende curves).
validatie.basis(
Basismodel,
AantalDomHogeRMSE = 20,
ExtraCurvesRapport = NULL,
GoedgekeurdeAfwijkendeCurves = NULL,
Bestandsnaam = "Default",
TypeRapport = "Dynamisch",
PathWD = getwd()
)Model per boomsoort zoals teruggegeven door de functie
fit.basis(): tibble met de velden BMS (boomsoort) en Model
(lme-object met het gefit mixed model voor die boomsoort).
Standaard worden de 20 domeinen met de hoogste
RMSE geselecteerd en voor elk van deze domeinen worden minstens 10
afwijkende metingen geselecteerd. AantalDomHogeRMSE laat toe om dit aantal
van 20 domeinen aan te passen.
Optie om een lijst met extra
boomsoort-domeincombinaties op te geven waardoor de curve getoond moet worden
in het validatierapport.
Deze moeten opgegeven worden als een dataframe met velden DOMEIN_ID en
BMS, met benamingen die overeenkomen met deze in de opgegeven dataset.
Optie om goedgekeurde afwijkende curves
niet meer te tonen in het validatierapport zolang er geen extra metingen
toegevoegd zijn voor de boomsoort-domeincombinatie (om als gebruiker enkel de
te keuren curves in het rapport over te houden). De goedgekeurde en dus te
negeren curves moeten opgegeven worden in een dataframe met velden
DOMEIN_ID, BMS en nBomenTerugTonen, met nBomenTerugTonen het aantal
bomen (nBomenInterval) in de boomsoort-domeincombinatie vanaf wanneer de
curve terug getoond moet worden. (In dit geval wordt de curve uiteraard enkel
terug getoond als ze nog steeds afwijkend is.)
Een naam voor het validatierapport (.html-bestand) dat
gegenereerd wordt, bestaande uit een string die eindigt op .html
Default is "Dynamisch", waarbij de figuren in het
.html-bestand kunnen worden aangepast (meetgegevens weergeven door muis
erover te bewegen (inclusief ID als deze in de dataset meegegeven is),
items uit legende wegklikken, grafiek inzoomen,...). Een andere optie is
"Statisch", waarbij de figuren vast zijn.
Het path van de working directory, dus het path waarin het validatierapport opgeslagen moet worden (default wordt het in de op dat moment actieve working directory opgeslagen).
De functie genereert een validatierapport (.html-bestand) in de working
directory met informatie en grafieken van de te controleren modellen. De
afwijkende metingen en curvedelen zijn in rood aangeduid; boven de curve is
het probleem ook woordelijk beschreven (zie ?validatierapport of vignet
voor meer informatie).
De functie geeft een dataframe terug met de te controleren metingen, met behalve de informatie uit de databank een aantal berekende waarden:
H_D_finaal: een geschatte hoogte voor de omtrekklasse volgens het
domeinmodel (dus specifiek voor de boomsoort-domeincombinatie)
H_VL_finaal: een geschatte hoogte voor de omtrek volgens het Vlaams
model (dus voor het overkoepelend boomsoort-model)
rmseD: de foutenschatting voor het domeinmodel
HogeRmse: TRUE als het domeinmodel een hoge RMSE heeft, anders
NA