Aggregate an imputed dataset
aggregate_impute(object, grouping, fun, filter = list(), join)
# S4 method for ANY
aggregate_impute(object, grouping, fun, filter = list(), join)
# S4 method for rawImputed
aggregate_impute(object, grouping, fun, filter = list(), join)
# S4 method for aggregatedImputed
aggregate_impute(object, grouping, fun, filter = list(), join)A rawImputed object.
A vector of variables names to group the aggregation on.
The function to aggregate.
An optional argument to filter the raw dataset before aggregation.
Will be passed to dplyr::filter().
An optional argument to filter the raw dataset based on a data.frame.
A dplyr::semi_join() will be applied with join or each element
of join in case join is a list.
dataset <- generate_data(n_year = 10, n_site = 50, n_run = 1)
dataset$Count[sample(nrow(dataset), 50)] <- NA
model <- lm(Count ~ Year + factor(Period) + factor(Site), data = dataset)
imputed <- impute(data = dataset, model = model)
aggregate_impute(imputed, grouping = c("Year", "Period"), fun = sum)
#> An object of class "aggregatedImputed"
#> Slot "Covariate":
#> Year Period
#> 1 1 1
#> 2 1 2
#> 3 1 3
#> 4 1 4
#> 5 1 5
#> 6 1 6
#> 7 2 1
#> 8 2 2
#> 9 2 3
#> 10 2 4
#> 11 2 5
#> 12 2 6
#> 13 3 1
#> 14 3 2
#> 15 3 3
#> 16 3 4
#> 17 3 5
#> 18 3 6
#> 19 4 1
#> 20 4 2
#> 21 4 3
#> 22 4 4
#> 23 4 5
#> 24 4 6
#> 25 5 1
#> 26 5 2
#> 27 5 3
#> 28 5 4
#> 29 5 5
#> 30 5 6
#> 31 6 1
#> 32 6 2
#> 33 6 3
#> 34 6 4
#> 35 6 5
#> 36 6 6
#> 37 7 1
#> 38 7 2
#> 39 7 3
#> 40 7 4
#> 41 7 5
#> 42 7 6
#> 43 8 1
#> 44 8 2
#> 45 8 3
#> 46 8 4
#> 47 8 5
#> 48 8 6
#> 49 9 1
#> 50 9 2
#> 51 9 3
#> 52 9 4
#> 53 9 5
#> 54 9 6
#> 55 10 1
#> 56 10 2
#> 57 10 3
#> 58 10 4
#> 59 10 5
#> 60 10 6
#>
#> Slot "Imputation":
#> Imputation0001 Imputation0002 Imputation0003 Imputation0004
#> [1,] 1087.8288 1086.9465 1134.2921 1117.2576
#> [2,] 1624.0000 1624.0000 1624.0000 1624.0000
#> [3,] 1913.0000 1913.0000 1913.0000 1913.0000
#> [4,] 1402.2731 1496.9259 1441.3542 1412.7013
#> [5,] 886.0000 886.0000 886.0000 886.0000
#> [6,] 651.9220 609.3896 633.0872 569.5151
#> [7,] 1034.0000 1034.0000 1034.0000 1034.0000
#> [8,] 1650.4517 1617.4266 1615.0208 1584.6080
#> [9,] 1630.0000 1630.0000 1630.0000 1630.0000
#> [10,] 1103.0000 1103.0000 1103.0000 1103.0000
#> [11,] 1168.0000 1168.0000 1168.0000 1168.0000
#> [12,] 403.0000 403.0000 403.0000 403.0000
#> [13,] 1154.2099 1112.1392 1157.1854 1101.7413
#> [14,] 1573.9568 1511.4400 1622.0861 1584.5161
#> [15,] 1390.0781 1397.4096 1379.4488 1364.5321
#> [16,] 1243.9584 1231.0714 1264.8551 1260.3855
#> [17,] 1045.1062 1057.2773 994.4441 988.9188
#> [18,] 331.6656 417.1328 385.4496 450.9484
#> [19,] 1320.9275 1460.9350 1328.8972 1483.1940
#> [20,] 1835.0000 1835.0000 1835.0000 1835.0000
#> [21,] 1584.0000 1584.0000 1584.0000 1584.0000
#> [22,] 1592.9554 1579.7759 1624.8935 1531.1724
#> [23,] 834.6112 953.4034 810.7872 917.9240
#> [24,] 522.2141 514.5517 484.9197 610.8934
#> [25,] 1102.0000 1102.0000 1102.0000 1102.0000
#> [26,] 1669.0000 1669.0000 1669.0000 1669.0000
#> [27,] 1528.2606 1535.4693 1601.5864 1516.5961
#> [28,] 1214.5480 1125.1489 1143.1577 1117.1176
#> [29,] 573.5535 612.6434 591.4485 594.0853
#> [30,] 538.1435 544.1808 541.1121 440.6750
#> [31,] 1515.0478 1548.8847 1596.7301 1473.3266
#> [32,] 1712.2318 1719.7631 1589.9898 1597.5209
#> [33,] 1389.0000 1389.0000 1389.0000 1389.0000
#> [34,] 1144.0000 1144.0000 1144.0000 1144.0000
#> [35,] 742.2116 785.8371 740.0428 735.4509
#> [36,] 548.1429 470.3017 562.8128 444.1222
#> [37,] 876.0000 876.0000 876.0000 876.0000
#> [38,] 1827.0000 1827.0000 1827.0000 1827.0000
#> [39,] 1804.7797 1719.4075 1783.4089 1708.7849
#> [40,] 1750.2754 1803.2295 1698.0796 1726.2491
#> [41,] 1539.0000 1539.0000 1539.0000 1539.0000
#> [42,] 982.0000 982.0000 982.0000 982.0000
#> [43,] 770.2689 764.6447 766.3184 724.9371
#> [44,] 1860.9389 1917.0675 1940.3343 1969.9327
#> [45,] 2218.0000 2218.0000 2218.0000 2218.0000
#> [46,] 1451.5939 1512.1440 1452.6242 1471.5991
#> [47,] 1577.0000 1577.0000 1577.0000 1577.0000
#> [48,] 813.0000 813.0000 813.0000 813.0000
#> [49,] 661.8807 754.0529 771.1503 733.8477
#> [50,] 1565.7648 1477.6892 1519.5643 1462.0026
#> [51,] 1566.6618 1617.3315 1628.4244 1654.8209
#> [52,] 1489.0000 1489.0000 1489.0000 1489.0000
#> [53,] 1088.0000 1088.0000 1088.0000 1088.0000
#> [54,] 745.0000 745.0000 745.0000 745.0000
#> [55,] 1052.3837 1021.9246 1185.1376 1250.8264
#> [56,] 1628.4062 1608.1835 1604.2780 1586.2062
#> [57,] 1543.0866 1519.3465 1572.0315 1575.6163
#> [58,] 1693.0000 1693.0000 1693.0000 1693.0000
#> [59,] 1551.5237 1674.6076 1545.4662 1493.6745
#> [60,] 728.8550 692.8864 828.5285 911.5440
#> Imputation0005 Imputation0006 Imputation0007 Imputation0008
#> [1,] 1118.3009 1124.9967 1053.2544 1091.6772
#> [2,] 1624.0000 1624.0000 1624.0000 1624.0000
#> [3,] 1913.0000 1913.0000 1913.0000 1913.0000
#> [4,] 1410.1294 1410.6914 1432.3120 1403.6249
#> [5,] 886.0000 886.0000 886.0000 886.0000
#> [6,] 695.3980 632.2228 673.0899 596.7047
#> [7,] 1034.0000 1034.0000 1034.0000 1034.0000
#> [8,] 1575.7640 1596.0603 1587.8059 1720.0528
#> [9,] 1630.0000 1630.0000 1630.0000 1630.0000
#> [10,] 1103.0000 1103.0000 1103.0000 1103.0000
#> [11,] 1168.0000 1168.0000 1168.0000 1168.0000
#> [12,] 403.0000 403.0000 403.0000 403.0000
#> [13,] 1095.4562 1117.4184 1058.8527 1147.1060
#> [14,] 1496.0309 1433.3892 1470.6432 1535.1837
#> [15,] 1463.3851 1383.3539 1388.2057 1448.4003
#> [16,] 1374.7652 1226.8133 1188.0561 1221.9101
#> [17,] 956.0330 1036.5651 1036.0944 874.3921
#> [18,] 446.9482 424.8778 411.8089 478.9685
#> [19,] 1443.8706 1425.2594 1244.7198 1439.0140
#> [20,] 1835.0000 1835.0000 1835.0000 1835.0000
#> [21,] 1584.0000 1584.0000 1584.0000 1584.0000
#> [22,] 1536.1086 1578.6390 1546.2782 1581.8217
#> [23,] 938.1862 951.0052 898.9720 878.5845
#> [24,] 508.9896 549.3627 538.2816 551.2404
#> [25,] 1102.0000 1102.0000 1102.0000 1102.0000
#> [26,] 1669.0000 1669.0000 1669.0000 1669.0000
#> [27,] 1579.4526 1597.4128 1513.1844 1585.3204
#> [28,] 1134.0498 1170.0766 1218.6958 1151.2504
#> [29,] 719.8886 638.0324 650.3559 532.9711
#> [30,] 555.1761 630.3775 572.2073 489.5667
#> [31,] 1566.5627 1545.6993 1500.8071 1548.6275
#> [32,] 1637.7715 1598.4880 1685.3503 1655.1310
#> [33,] 1389.0000 1389.0000 1389.0000 1389.0000
#> [34,] 1144.0000 1144.0000 1144.0000 1144.0000
#> [35,] 781.6760 783.0402 717.4017 685.2185
#> [36,] 564.0443 520.9379 513.6286 521.5319
#> [37,] 876.0000 876.0000 876.0000 876.0000
#> [38,] 1827.0000 1827.0000 1827.0000 1827.0000
#> [39,] 1706.9047 1739.7179 1719.2142 1778.8501
#> [40,] 1712.6380 1759.7094 1775.1325 1754.3794
#> [41,] 1539.0000 1539.0000 1539.0000 1539.0000
#> [42,] 982.0000 982.0000 982.0000 982.0000
#> [43,] 783.1890 721.4219 706.5257 780.5449
#> [44,] 1946.6335 1959.5119 1845.9648 1926.1450
#> [45,] 2218.0000 2218.0000 2218.0000 2218.0000
#> [46,] 1465.9603 1495.8713 1487.7785 1539.9734
#> [47,] 1577.0000 1577.0000 1577.0000 1577.0000
#> [48,] 813.0000 813.0000 813.0000 813.0000
#> [49,] 740.1449 715.3686 696.4716 769.5276
#> [50,] 1503.5568 1520.8451 1494.6551 1535.6231
#> [51,] 1648.9630 1615.7218 1655.0459 1687.0903
#> [52,] 1489.0000 1489.0000 1489.0000 1489.0000
#> [53,] 1088.0000 1088.0000 1088.0000 1088.0000
#> [54,] 745.0000 745.0000 745.0000 745.0000
#> [55,] 1094.6344 1112.1218 1149.0603 1075.3822
#> [56,] 1632.6952 1655.5665 1598.7993 1652.9478
#> [57,] 1601.9550 1591.8328 1586.6527 1578.4708
#> [58,] 1693.0000 1693.0000 1693.0000 1693.0000
#> [59,] 1575.2974 1580.1961 1584.3410 1570.4967
#> [60,] 815.0286 824.4863 847.9475 833.6832
#> Imputation0009 Imputation0010 Imputation0011 Imputation0012
#> [1,] 1046.8856 1160.6489 1027.0912 1160.1754
#> [2,] 1624.0000 1624.0000 1624.0000 1624.0000
#> [3,] 1913.0000 1913.0000 1913.0000 1913.0000
#> [4,] 1509.0624 1454.9628 1518.0950 1481.1167
#> [5,] 886.0000 886.0000 886.0000 886.0000
#> [6,] 632.7903 687.2370 700.2878 618.4476
#> [7,] 1034.0000 1034.0000 1034.0000 1034.0000
#> [8,] 1613.6764 1583.8233 1667.7664 1636.2529
#> [9,] 1630.0000 1630.0000 1630.0000 1630.0000
#> [10,] 1103.0000 1103.0000 1103.0000 1103.0000
#> [11,] 1168.0000 1168.0000 1168.0000 1168.0000
#> [12,] 403.0000 403.0000 403.0000 403.0000
#> [13,] 1093.4381 1160.5818 1051.1184 1117.7079
#> [14,] 1517.3275 1543.6254 1605.5033 1612.0845
#> [15,] 1389.7507 1421.1491 1415.7895 1376.3854
#> [16,] 1217.3025 1251.1579 1228.3136 1186.0925
#> [17,] 976.2913 904.8851 960.0211 929.8437
#> [18,] 434.3057 415.6852 469.2620 407.3705
#> [19,] 1473.9710 1499.8482 1445.6167 1370.4669
#> [20,] 1835.0000 1835.0000 1835.0000 1835.0000
#> [21,] 1584.0000 1584.0000 1584.0000 1584.0000
#> [22,] 1576.3121 1583.1618 1610.3034 1601.3201
#> [23,] 919.2901 904.5819 870.3557 934.4032
#> [24,] 512.0724 553.3383 504.0694 458.1675
#> [25,] 1102.0000 1102.0000 1102.0000 1102.0000
#> [26,] 1669.0000 1669.0000 1669.0000 1669.0000
#> [27,] 1545.2800 1532.4979 1532.5416 1501.9275
#> [28,] 1170.1628 1146.2597 1199.4936 1158.6762
#> [29,] 605.3868 565.8875 660.9455 648.7721
#> [30,] 562.3555 580.0542 484.8815 530.0347
#> [31,] 1569.0429 1497.1895 1556.3107 1569.0786
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#>