Aggregate an imputed dataset
Usage
aggregate_impute(object, grouping, fun, filter = list(), join)
# S4 method for class 'ANY'
aggregate_impute(object, grouping, fun, filter = list(), join)
# S4 method for class 'rawImputed'
aggregate_impute(object, grouping, fun, filter = list(), join)
# S4 method for class 'aggregatedImputed'
aggregate_impute(object, grouping, fun, filter = list(), join)Arguments
- object
A
rawImputedobject.- grouping
A vector of variables names to group the aggregation on.
- fun
The function to aggregate.
- filter
An optional argument to filter the raw dataset before aggregation. Will be passed to
dplyr::filter().- join
An optional argument to filter the raw dataset based on a data.frame. A
dplyr::semi_join()will be applied withjoinor each element ofjoinin case join is a list.
Examples
dataset <- generate_data(n_year = 10, n_site = 50, n_run = 1)
dataset$Count[sample(nrow(dataset), 50)] <- NA
model <- lm(Count ~ Year + factor(Period) + factor(Site), data = dataset)
imputed <- impute(data = dataset, model = model)
aggregate_impute(imputed, grouping = c("Year", "Period"), fun = sum)
#> An object of class "aggregatedImputed"
#> Slot "Covariate":
#> Year Period
#> 1 1 1
#> 2 1 2
#> 3 1 3
#> 4 1 4
#> 5 1 5
#> 6 1 6
#> 7 2 1
#> 8 2 2
#> 9 2 3
#> 10 2 4
#> 11 2 5
#> 12 2 6
#> 13 3 1
#> 14 3 2
#> 15 3 3
#> 16 3 4
#> 17 3 5
#> 18 3 6
#> 19 4 1
#> 20 4 2
#> 21 4 3
#> 22 4 4
#> 23 4 5
#> 24 4 6
#> 25 5 1
#> 26 5 2
#> 27 5 3
#> 28 5 4
#> 29 5 5
#> 30 5 6
#> 31 6 1
#> 32 6 2
#> 33 6 3
#> 34 6 4
#> 35 6 5
#> 36 6 6
#> 37 7 1
#> 38 7 2
#> 39 7 3
#> 40 7 4
#> 41 7 5
#> 42 7 6
#> 43 8 1
#> 44 8 2
#> 45 8 3
#> 46 8 4
#> 47 8 5
#> 48 8 6
#> 49 9 1
#> 50 9 2
#> 51 9 3
#> 52 9 4
#> 53 9 5
#> 54 9 6
#> 55 10 1
#> 56 10 2
#> 57 10 3
#> 58 10 4
#> 59 10 5
#> 60 10 6
#>
#> Slot "Imputation":
#> Imputation0001 Imputation0002 Imputation0003 Imputation0004
#> [1,] 756.3526 734.4290 734.7943 754.6791
#> [2,] 1067.0000 1067.0000 1067.0000 1067.0000
#> [3,] 1947.1719 1962.5697 1969.5826 2025.1728
#> [4,] 1300.8334 1314.5699 1314.4742 1337.1357
#> [5,] 923.6729 878.4131 940.3766 952.5347
#> [6,] 697.0000 697.0000 697.0000 697.0000
#> [7,] 674.9876 843.9430 732.4395 701.7702
#> [8,] 1096.7673 1103.7887 1044.7352 1112.1938
#> [9,] 1821.0000 1821.0000 1821.0000 1821.0000
#> [10,] 1514.3596 1544.7936 1486.1576 1477.5799
#> [11,] 1003.2117 1018.3315 1072.5774 1079.9879
#> [12,] 620.6377 697.9800 578.5839 664.1148
#> [13,] 1007.5702 1001.5890 881.7306 1036.8691
#> [14,] 1445.5250 1463.4137 1455.3599 1408.6289
#> [15,] 1116.7524 1157.6726 1079.5502 1152.3430
#> [16,] 965.0000 965.0000 965.0000 965.0000
#> [17,] 429.0955 427.1248 421.8147 430.7142
#> [18,] 387.0000 387.0000 387.0000 387.0000
#> [19,] 499.2491 550.8225 535.6697 515.9135
#> [20,] 1137.0000 1137.0000 1137.0000 1137.0000
#> [21,] 1080.4678 1098.6832 1081.4857 1113.1610
#> [22,] 1240.1549 1229.2085 1206.2580 1244.1476
#> [23,] 1229.9433 1228.0616 1232.9711 1185.3930
#> [24,] 548.2974 477.2315 501.8332 493.6696
#> [25,] 1085.6475 1040.7069 1070.2838 1050.7967
#> [26,] 1746.0000 1746.0000 1746.0000 1746.0000
#> [27,] 1334.0000 1334.0000 1334.0000 1334.0000
#> [28,] 1162.8787 1135.8472 1198.9784 1161.8557
#> [29,] 584.0000 584.0000 584.0000 584.0000
#> [30,] 575.5428 642.2964 566.1852 649.5908
#> [31,] 785.0000 785.0000 785.0000 785.0000
#> [32,] 1291.0000 1291.0000 1291.0000 1291.0000
#> [33,] 1912.0000 1912.0000 1912.0000 1912.0000
#> [34,] 1832.0000 1832.0000 1832.0000 1832.0000
#> [35,] 1497.8362 1509.0415 1506.5780 1375.2277
#> [36,] 689.7552 670.1139 683.0374 630.2704
#> [37,] 824.4284 855.9830 754.8499 850.5965
#> [38,] 1403.7285 1321.7283 1370.7881 1436.1340
#> [39,] 1125.0000 1125.0000 1125.0000 1125.0000
#> [40,] 1200.0000 1200.0000 1200.0000 1200.0000
#> [41,] 819.9588 836.8221 804.0500 795.7137
#> [42,] 879.1477 861.7562 876.6918 872.0062
#> [43,] 621.0000 621.0000 621.0000 621.0000
#> [44,] 991.1248 1030.1170 1036.9789 1052.8339
#> [45,] 1073.1094 1146.0057 1136.9600 1028.7495
#> [46,] 1080.4544 1101.8357 1088.5774 1075.5436
#> [47,] 875.0000 875.0000 875.0000 875.0000
#> [48,] 526.0000 526.0000 526.0000 526.0000
#> [49,] 520.4784 513.8523 401.0042 490.8617
#> [50,] 1496.4838 1512.2244 1559.3394 1540.6975
#> [51,] 1363.0000 1363.0000 1363.0000 1363.0000
#> [52,] 1132.3621 1088.2788 1151.0379 1182.6207
#> [53,] 621.3340 611.5562 618.5966 670.3268
#> [54,] 405.0000 405.0000 405.0000 405.0000
#> [55,] 658.0000 658.0000 658.0000 658.0000
#> [56,] 996.0000 996.0000 996.0000 996.0000
#> [57,] 1382.9942 1333.6401 1366.9134 1402.3085
#> [58,] 1548.0000 1548.0000 1548.0000 1548.0000
#> [59,] 772.0000 772.0000 772.0000 772.0000
#> [60,] 567.5417 619.2688 646.8944 646.2323
#> Imputation0005 Imputation0006 Imputation0007 Imputation0008
#> [1,] 777.1575 777.0502 725.7339 782.4002
#> [2,] 1067.0000 1067.0000 1067.0000 1067.0000
#> [3,] 1940.5955 1909.9186 1956.6923 2038.3129
#> [4,] 1301.3806 1304.2358 1293.6845 1266.0089
#> [5,] 918.5958 952.7087 983.9895 931.2888
#> [6,] 697.0000 697.0000 697.0000 697.0000
#> [7,] 789.9625 722.3787 782.7494 746.5058
#> [8,] 1106.4081 1102.4398 1101.4732 1151.2396
#> [9,] 1821.0000 1821.0000 1821.0000 1821.0000
#> [10,] 1508.2606 1524.6855 1491.6162 1554.9514
#> [11,] 1027.2552 1073.4629 1088.5658 1022.3842
#> [12,] 620.6114 649.9751 615.9351 663.8915
#> [13,] 981.7254 935.6395 948.1448 1000.8034
#> [14,] 1435.9619 1404.1054 1424.6858 1458.3267
#> [15,] 1143.2234 1131.9240 1104.1557 1122.5821
#> [16,] 965.0000 965.0000 965.0000 965.0000
#> [17,] 404.3039 450.7239 467.6272 391.7591
#> [18,] 387.0000 387.0000 387.0000 387.0000
#> [19,] 530.0287 556.8164 558.8397 537.9898
#> [20,] 1137.0000 1137.0000 1137.0000 1137.0000
#> [21,] 1127.3270 1126.6531 1169.0293 1126.6007
#> [22,] 1232.1431 1279.2419 1233.4098 1281.8244
#> [23,] 1254.3693 1191.2632 1282.0444 1272.6835
#> [24,] 575.4052 580.3917 520.2302 494.4040
#> [25,] 1012.6618 1034.3870 1068.3449 1090.1999
#> [26,] 1746.0000 1746.0000 1746.0000 1746.0000
#> [27,] 1334.0000 1334.0000 1334.0000 1334.0000
#> [28,] 1147.8557 1206.0343 1190.0132 1214.1559
#> [29,] 584.0000 584.0000 584.0000 584.0000
#> [30,] 634.9835 693.5978 654.4297 601.3246
#> [31,] 785.0000 785.0000 785.0000 785.0000
#> [32,] 1291.0000 1291.0000 1291.0000 1291.0000
#> [33,] 1912.0000 1912.0000 1912.0000 1912.0000
#> [34,] 1832.0000 1832.0000 1832.0000 1832.0000
#> [35,] 1433.8443 1489.5043 1456.7516 1478.3300
#> [36,] 678.5509 693.2098 721.2096 697.9982
#> [37,] 825.7455 927.3899 817.2105 840.9626
#> [38,] 1310.3743 1481.5412 1348.5855 1363.7032
#> [39,] 1125.0000 1125.0000 1125.0000 1125.0000
#> [40,] 1200.0000 1200.0000 1200.0000 1200.0000
#> [41,] 773.7779 755.2333 766.6573 777.9643
#> [42,] 914.6413 842.1325 888.4747 905.2454
#> [43,] 621.0000 621.0000 621.0000 621.0000
#> [44,] 1019.6329 1013.7484 1010.0786 1016.3449
#> [45,] 1153.7357 1145.5965 1119.0917 1140.4010
#> [46,] 1136.9768 1042.0315 1103.8561 1114.8815
#> [47,] 875.0000 875.0000 875.0000 875.0000
#> [48,] 526.0000 526.0000 526.0000 526.0000
#> [49,] 436.5086 444.5606 535.8038 463.6371
#> [50,] 1553.2292 1561.6815 1515.1499 1552.6508
#> [51,] 1363.0000 1363.0000 1363.0000 1363.0000
#> [52,] 1174.4683 1188.1093 1135.7376 1120.2778
#> [53,] 662.5482 623.0870 626.0436 624.0827
#> [54,] 405.0000 405.0000 405.0000 405.0000
#> [55,] 658.0000 658.0000 658.0000 658.0000
#> [56,] 996.0000 996.0000 996.0000 996.0000
#> [57,] 1308.9352 1403.7359 1426.9446 1346.0950
#> [58,] 1548.0000 1548.0000 1548.0000 1548.0000
#> [59,] 772.0000 772.0000 772.0000 772.0000
#> [60,] 613.0373 560.2690 609.4566 646.2113
#> Imputation0009 Imputation0010 Imputation0011 Imputation0012
#> [1,] 762.3365 702.4994 754.5193 701.4686
#> [2,] 1067.0000 1067.0000 1067.0000 1067.0000
#> [3,] 1826.9642 1965.3479 2002.8980 1935.5162
#> [4,] 1274.7922 1334.9214 1343.1334 1284.9220
#> [5,] 987.0087 923.4516 898.0379 901.0275
#> [6,] 697.0000 697.0000 697.0000 697.0000
#> [7,] 706.1038 792.2479 794.5704 749.4217
#> [8,] 1184.2485 1145.9764 1115.2753 1138.1598
#> [9,] 1821.0000 1821.0000 1821.0000 1821.0000
#> [10,] 1532.0102 1503.4456 1470.4584 1503.1981
#> [11,] 1008.6793 1030.2800 1086.4156 1025.6837
#> [12,] 637.1983 641.4424 672.9571 675.4227
#> [13,] 1041.2325 1002.3852 967.5405 1003.9373
#> [14,] 1460.2299 1435.9974 1436.7831 1406.8152
#> [15,] 1154.6468 1098.4794 1126.4899 1067.0077
#> [16,] 965.0000 965.0000 965.0000 965.0000
#> [17,] 403.4692 405.0092 455.8890 394.5001
#> [18,] 387.0000 387.0000 387.0000 387.0000
#> [19,] 482.9874 536.2932 443.6764 575.8810
#> [20,] 1137.0000 1137.0000 1137.0000 1137.0000
#> [21,] 1080.4487 1131.3208 1130.8488 1119.7201
#> [22,] 1273.2778 1239.2402 1241.5470 1207.1243
#> [23,] 1180.1830 1275.8002 1208.4689 1193.5587
#> [24,] 570.5918 551.7186 590.6041 527.2699
#> [25,] 1046.4649 1044.1372 1036.9793 1024.3054
#> [26,] 1746.0000 1746.0000 1746.0000 1746.0000
#> [27,] 1334.0000 1334.0000 1334.0000 1334.0000
#> [28,] 1120.7270 1210.7327 1157.9030 1171.4021
#> [29,] 584.0000 584.0000 584.0000 584.0000
#> [30,] 609.9457 551.9321 589.3027 537.6691
#> [31,] 785.0000 785.0000 785.0000 785.0000
#> [32,] 1291.0000 1291.0000 1291.0000 1291.0000
#> [33,] 1912.0000 1912.0000 1912.0000 1912.0000
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