Use simulations to compare the observed distribution with the modelled distribution
Source:R/distribution_check.R
distribution_check.RdUse simulations to compare the observed distribution with the modelled distribution
Usage
distribution_check(object, nsim = 1000, seed = 0L)
# S4 method for class 'inla'
distribution_check(object, nsim = 1000, seed = 0L)Arguments
- object
the INLA model
- nsim
the number of simulation
- seed
See the same argument in
?inla.qsamplefor further information. In order to produce reproducible results, you ALSO need to make sure the RNG in R is in the same state, see example below. Whenseedis non-zero,num.threadsis forced to "1:1" and parallel.configs is set toFALSE, since parallel sampling would not produce a reproducible sequence of pseudo-random numbers.
See also
Other checks:
dispersion_check(),
fast_aggregation_check(),
fast_distribution_check(),
get_anomaly()
Examples
# \donttest{
library(INLA)
model <- inla(
poisson ~ 1,
family = "poisson",
data = data.frame(
poisson = rpois(20, lambda = 10),
base = 1
),
control.predictor = list(compute = TRUE),
control.compute = list(config = TRUE)
)
distribution_check(model, seed = 20181202)
#> Warning: Since 'seed!=0', parallel model is disabled and serial model is selected, num.threads='1:1'
#> New names:
#> • `` -> `...1`
#> • `` -> `...2`
#> • `` -> `...3`
#> • `` -> `...4`
#> • `` -> `...5`
#> • `` -> `...6`
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