Procedure om MAS-data te downloaden via de Sovon WFS-server
Langeraert, Ward
0000-0002-5900-8109
Van Calster, Hans
0000-0001-8595-8426
2024-09-02
Metadata
| reviewers | documentbeheerder | protocolcode | versienummer | taal |
|---|---|---|---|---|
| Eves Down, Maria-Rose, Cartuyvels, Emma | Langeraert, Ward | sop-039-nl | 2024.07 | nl |
Controleer deze tabel om te zien of een meer recente versie beschikbaar is.
1 Wijzigingen t.o.v. vorige versies
1.1 2024.07
- Eerste versie van het protocol. Dit protocol werd eerder in een R Markdown rapport bijgehouden in de code repositories van het MAS pilootproject (Langeraert & Van Calster, 2024) en het MBAG MAS project (Langeraert et al., 2024). Deze versie toont geen inhoudelijke verschillen, maar slechts enkele verschillen om de beschrijving nog meer te verduidelijken.
3 Onderwerp
4 Definities en afkortingen
Avimap: Avimap is een digitale tool ontwikkeld door SOVON voor het uitvoeren van territoriumkartering van broedvogels in het veld.
code repository: Een code repository is een digitale opslagplaats waar de broncode van softwareprojecten wordt beheerd en opgeslagen, vaak met versiebeheer om wijzigingen bij te houden. Het stelt ontwikkelaars in staat om samen te werken, wijzigingen te volgen en terug te keren naar eerdere versies van de code.
CRS: Een CRS, of Coordinate Reference System, is een systeem dat wordt gebruikt om geografische locaties op de aarde te definiëren. Een CRS beschrijft hoe tweedimensionale of driedimensionale ruimtelijke gegevens worden gepositioneerd, en hoe ze worden geprojecteerd op een plat vlak. Amersfoort/RD New (EPSG:28992) is een voorbeeld van een lokale CRS, specifiek voor Nederland, dat gebruikmaakt van een projectie die is geoptimaliseerd voor het Nederlandse grondgebied.
MAS: Het MAS, of Meetnet Agrarische Soorten, monitort broedvogels (en zoogdieren) in agrarische gebieden om trends in aantallen en verspreiding vast te stellen, en de effectiviteit van beschermingsmaatregelen te evalueren (‘Meetnet Agrarische Soorten (MAS)’, s.d.). Dit meetnet wordt reeds toegepast in Nederland en sinds de opstart van het MBAG project ook in Vlaanderen.
MBAG: Het MBAG project, of Meetnet Biodiversiteit in het Agrarisch Gebied, is een initiatief van het Instituut voor Natuur- en Bosonderzoek (INBO) in Vlaanderen dat gericht is op het monitoren en analyseren van de biodiversiteit in landbouwgebieden. Het project richt zich op het verkrijgen van inzicht in de biodiversiteit, met een focus op akkervogels, bestuivers, bodembiodiversiteit, en landschapselementen, om zo bij te dragen aan zowel natuurbehoud als duurzame landbouwpraktijken (‘Meetnet Biodiversiteit in het Agrarisch Gebied (MBAG)’, s.d.).
QGIS: QGIS is een open-source geografisch informatiesysteem waarin je geografische gegevens kan importeren, bekijken, bewerken, analyseren en visualiseren (QGIS Development Team, 2024).
query: Een query is een gestructureerd verzoek om informatie uit een database of dataset te verkrijgen, vaak gebruikmakend van de SQL-programmeertaal.
Sovon: Sovon, voluit Sovon Vogelonderzoek Nederland, coördineert landelijke vogelmonitoring en -onderzoek, met als doel de aantallen en verspreiding van vogels in Nederland te bepalen, de trends te verklaren, en de resultaten beschikbaar te maken voor natuurbeleid, beheer, en maatschappelijke doeleinden.
WFS: Een WFS, of Web Feature Service, is een webstandaard om geografische data via het internet op te vragen en te manipuleren.
7 Werkwijze
7.1 Downloaden van de data van de Sovon WFS-server
De MAS-data worden geïmporteerd van de Sovon WFS-server via QGIS (QGIS Development Team, 2024).
Een account aanmaken via https://www.vogelatlas.be/user/newuser
- Rechten aanvragen via Sovon voor gebruik van de WFS
Open QGIS
- Zet project CRS op EPSG:28992
- Kies ‘Kaartlagen’ \(\rightarrow\) ‘Databronnen beheren’ \(\rightarrow\) ‘WFS / OGC API - Objecten’
Klik ‘Nieuw’ bovenaan in het dialoogvenster om een nieuwe WFS-verbinding te maken
- Gebruik als ‘naam’
sovonen als ‘url’https://portal.sovon.nl/views/wfs/453/ - Klik op ‘OK’
- Gebruik als ‘naam’
Maak een verbinding met de zopas toegevoegde WFS
- Klik op ‘Verbinden’ bovenaan in het dialoogvenster
- Geef je gebruikersnaam en paswoord in wanneer dit wordt gevraagd en klik op ‘OK’
- Selecteer de laag ‘ms:viewpoints’
- Maak eventueel een specifieke SQL-query aan via ‘Query maken’ onderaan in het dialoogvenster
- Bijvoorbeeld voor de data 2024:
SELECT * FROM viewpoints WHERE jaar = 2024
- Vink het boxje aan ‘Alleen objecten bevragen die het huidige zichtbare bereik overlappen’
- Wijzig het Coördinaten Referentiesysteem naar EPSG:28992
- Klik op ‘Toevoegen’ onderaan in het dialoogvenster
- Indien QGIS vraagt de toe te voegen items te selecteren, selecteer je de laag ‘ms:viewpoints’ en klik je op ‘Lagen toevoegen’
Nu worden alle data waar je toegang toe hebt gedownload (dit kan even duren). Dit zijn de waarnemingen van de MAS-tellingen in Vlaanderen.
7.2 Exporteren en lokalisatie van de data
Wanneer alle data gedownload zijn, kan je deze laag exporteren. Verdere opschoning en preparatie van de data gebeuren in de code repository “mbag-mas” (Langeraert et al., 2024). De volgende stappen beschrijven dan ook de lokalisatie van de data binnen deze repository.
Zorg dat alle data zichtbaar zijn in de view van QGIS
Selecteer ‘Kaartlagen’ \(\rightarrow\) ‘Opslaan als …’
- Gebruik als ‘Indeling’
GeoPackage - Gebruik als ‘Bestandsnaam’
YYYYMMDD_qgis_export_sovon_wfs_JAARYYYYMMDDis de datum van exportJAARis het jaar wanneer de data verzameld is (zie SQL-query)- Sla het geojson-bestand op in de folder
mbag-mas/data/mas.
- Gebruik als ‘CRS’
EPSG:28992 - Amersfoort / RD New - Klik op ‘OK’ (dit kan even duren)
- Gebruik als ‘Indeling’
De finale export die je wilt gebruiken voor data preparatie en verdere analyses, sla je op in een folder met als naam
JAARondermbag-mas/source/targets/data_preparation/data. Elke folder mag slechts 1 bestand hebben met de data van dat jaar.
Referenties
