Haal rapportdata uit LIMS DWH

Source: R/read_lims_data.R

Haal rapportdata uit LIMS DWH

read_lims_data(
  connection,
  project,
  sql_template = "default",
  show_query = FALSE,
  custom_fields = NULL,
  custom_where_clause = NULL,
  custom_sql_query = NULL,
  deployment = "prd"
)

Arguments

connection

DBI connection object (see odbc::dbConnect())

project

charactervector met projectnamen

sql_template

indien "default" wordt de standaardquery uitgevoerd, indien "all" worden alle voorziene velden geïmporteerd, bij "minimal" worden enkel de essentiële velden geïmporteerd

show_query

indien TRUE toon de query op het scherm net voordat deze uitgevoerd wordt, je kan deze eventueel kopiëren en aanpassen en doorgeven aan custom_sql_query

custom_fields

charactervector die controleert welke veldnamen je in de output ziet. De velden ORIGINAL_SAMPLE, ANALYSIS, COMPONENT en ENTRY worden altijd standaard meegeleverd. Via de functie get_available_report_fields kan je alle namen van de velden zien.

custom_where_clause

custom SQL where clause dat geplakt wordt aan "where PROJECT in ('project_x')", dus een where clause dat je specificeerd als " ResultNumeric > 0 OR ResultNumeric < 100, zal vertaald worden naar de sql where clause: "where PROJECT in ('project_x') AND (ResultNumeric > 0 OR ResultNumeric < 100)"

custom_sql_query

geldige Sql Query bruikbaar voor de connectie. Indien dit veld actief is, wordt sql_template, custom_fields en custom_where_clause genegeerd

deployment

default "prd", "uat" indien op de ontwikkelomgeving gewerkt wordt. Voorlopig is enkel "prd" actief ondersteund

Value

data.frame met minstens de velden ORIGINAL_SAMPLE, ANALYSIS, COMPONENT en ENTRY

Examples

if (FALSE) { # \dontrun{
conn <- lims_connect()
reportdata <- read_lims_data(conn,
  project = c("I-19W001-01"),
  sql_template = "default"
)
} # }